Ferdinand sinh ra tại Alcalá de Henares, Tây Ban Nha, là con trai thứ hai của Nữ hoàng Joanna I của Castile từ Nhà Trastámara (bản thân là con gái của Quốc vương Công giáo Isabel I của Castile và Ferdinand của Aragon) và Đại Công tước Áo Philip the Handsome của Nhà Habsburg, người thừa kế của Maximilian I, Hoàng đế La Mã thần thánh. Ferdinand đã chia sẻ phong tục, văn hóa, tên tuổi và thậm chí là sinh nhật của ông với ông ngoại Ferdinand II của Aragon. Ông sinh ra, lớn lên và giáo dục ở Tây Ban Nha, và không học tiếng Đức khi còn trẻ.

Vào mùa hè năm 1518, Ferdinand được gửi đến Flanders sau khi anh trai Charles đến Tây Ban Nha với tư cách là vua Charles I mới được bổ nhiệm vào mùa thu trước. Ferdinand trở lại chỉ huy hạm đội của anh trai mình nhưng trên đường bị thổi bay và mất bốn ngày ở Kinsale, Ireland trước khi đến đích. Với cái chết của ông nội Maximilian I và sự kế vị của anh trai 19 tuổi hiện tại của ông, Charles V, với danh hiệu Hoàng đế La Mã thần thánh vào năm 1519, Ferdinand được giao cho chính phủ của vùng đất cha truyền con nối Áo, gần như là nước Áo ngày nay và Slovenia. Ông là Đại công tước Áo từ năm 1521 đến 1564. Mặc dù ông ủng hộ anh trai mình, Ferdinand cũng tìm cách củng cố vương quốc của chính mình. Bằng cách áp dụng ngôn ngữ và văn hóa Đức vào cuối đời, ông cũng trở nên thân thiết với các hoàng tử lãnh thổ Đức.

Sau cái chết của anh rể Louis II, Ferdinand trị vì là Vua của Bohemia và Hungary (1526-1564).[1][2] Ferdinand cũng từng là phó tướng của anh trai mình trong Đế chế La Mã thần thánh trong nhiều lần vắng mặt của anh trai, và năm 1531 được bầu làm Vua của người La Mã, biến ông trở thành người thừa kế của Charles trong đế chế. Charles thoái vị năm 1556 và Ferdinand chấp nhận danh hiệu "Hoàng đế được bầu", với việc phê chuẩn chế độ ăn uống của Hoàng gia diễn ra vào năm 1558,[1][3] trong khi Tây Ban Nha, Đế quốc Tây Ban Nha, Naples, Sicily, Milan, Hà Lan và Franche-Comté về tay Philip, con trai của Charles.